ActionScript3からは外部SWFのLoaderがByteArrayからの読み込みに対応しているので、念願の暗号化SWFが出来ますね。しかも、ByteArrayがzlib形式の圧縮・解凍に対応していたりと、至れり尽くせりです。

ゲーム用の独自のアーカイブとか考えてみようかなぁ・・・。